Svätý Benedikt II. bol pápežom v rokoch 684 až 685. Narodil sa v Ríme, dátum narodenia nie je známy. Jeho otec sa volal Ján a niektoré zdroje uvádzajú, že mohol pochádzať z rodu Savelli. Už v mladosti bol poslaný do pápežskej školy spevákov (schola cantorum), kde sa vyznamenal svojím poznaním Svätého písma a liturgickým spevom. Neskôr bol vysvätený za kňaza a bol známy svojou pokorou, láskou k chudobným a štedrosťou.
Za pápeža bol zvolený pravdepodobne už v júli 683, krátko po smrti svojho predchodcu Leva II. Jeho konsekrácia sa však uskutočnila až takmer o rok neskôr, 26. júna 684. Dôvodom tohto dlhého oneskorenia bola nutnosť čakať na potvrdenie voľby byzantským cisárom Konštantínom IV. Pogonatom, ktorý sídlil v Konštantínopole. Tento proces bol zdĺhavý a spôsoboval dlhé obdobia sedisvakancie (prázdneho pápežského stolca).
Jedným z najvýznamnejších úspechov krátkeho pontifikátu Benedikta II. bolo práve riešenie tohto problému. Podarilo sa mu presvedčiť cisára Konštantína IV., aby vydal dekrét, ktorý zjednodušil potvrdzovanie pápežskej voľby. Podľa tohto dekrétu už nebolo potrebné čakať na priame potvrdenie z Konštantínopola, ale stačilo potvrdenie cisárskeho zástupcu – exarchu v Ravenne (aj keď niektoré zdroje interpretujú dekrét ako úplné zrušenie potreby cisárskeho potvrdenia). Cieľom bolo skrátiť čas, počas ktorého bola Cirkev bez viditeľnej hlavy. Napriek tomuto dekrétu však prax priameho cisárskeho potvrdzovania v niektorých prípadoch pretrvávala.
Benedikt II. mal dobré vzťahy s cisárom Konštantínom IV., ktorý mu poslal pramene vlasov svojich synov Justiniána a Heraklia na znak toho, že ich pápež prijíma za svojich duchovných synov. V cirkevnej oblasti sa Benedikt II. usiloval o presadenie záverov Tretieho konštantínopolského koncilu (680-681), ktorý odsúdil monoteletizmus (náuku o jedinej vôli v Kristovi). Snažil sa získať súhlas španielskych biskupov s dekrétmi koncilu a dosiahnuť podriadenie sa zosadeného monoteletistického patriarchu Makaria z Antiochie.
Počas svojho pontifikátu dal Benedikt II. obnoviť viacero kostolov v Ríme, vrátane Baziliky svätého Petra a kostola San Lorenzo in Lucina. Bol známy svojou štedrosťou voči rímskemu kléru a diakoniám, ktoré sa starali o chudobných.
Zomrel 8. mája 685 v Ríme po pontifikáte trvajúcom necelých 11 mesiacov od jeho konsekrácie. Bol pochovaný v Bazilike svätého Petra. Cirkev si ho uctieva ako svätého pre jeho zbožnosť, učenosť, štedrosť a diplomatické schopnosti. Jeho liturgická pamiatka sa slávi 8. mája.
